Bước 1: Tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra sơ bộ, đăng ký Tờ khai, quyết định hình thức, mức độ kiểm tra:
Công việc của bước này gồm:
1. Nhập mã số thuế xuất nhập khẩu của doanh nghiệp để kiểm tra điều kiện cho phép mở tờ khai của doanh nghiệp trên hệ thống (có bị cưỡng chế không) và kiểm tra ân hạn thuế, bảo lãnh thuế;
1.1. Nếu không được phép đăng ký Tờ khai thì thông báo bằng phiếu yêu cầu nghiệp vụ cho người khai hải quan biết trong đó nêu rõ lý do không được phép đăng ký Tờ khai;
1.2. Nếu được phép đăng ký tờ khai thì tiến hành kiểm tra sơ bộ hồ sơ hải quan (thực hiện theo quy định tại điểm III, mục I phần B Thông tư 112/2005/TT-BTC). Nếu hồ sơ hợp lệ thì nhập thông tin Tờ khai vào hệ thống máy tính:
a. Trường hợp tiếp nhận hồ sơ thủ công (hồ sơ giấy) thì nhập máy các thông tin trên tờ khai hải quan, tờ khai trị giá và các thông tin liên quan khác (nếu có). Trường hợp hồ sơ luồng xanh có thuế thì in chứng từ ghi số thuế phải thu theo quy định.
b. Trường hợp tiếp nhận khai hải quan bằng phương tiện điện tử (đĩa mềm, truyền qua mạng...) thì cập nhật dữ liệu vào hệ thống máy tính và các thông tin liên quan khác (nếu có);
2. Sau khi nhập các thông tin vào máy tính, thông tin được tự động xử lý (theo chương trình hệ thống quản lý rủi ro) và đưa ra Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra.
Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra gồm một số tiêu chí cụ thể theo mẫu đính kèm, có 3 mức độ khác nhau (mức 1; 2; 3 tương ứng xanh, vàng, đỏ ).
- Mức (1): miễn kiểm tra chi tiết hồ sơ, miễn kiểm tra thực tế hàng hoá (luồng xanh);
- Mức (2): kiểm tra chi tiết hồ sơ, miễn kiểm tra thực tế hàng hoá (luồng vàng);
- Mức (3): kiểm tra chi tiết hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hoá (luồng đỏ).
Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra thuộc mức (3) (luồng đỏ) có 3 mức độ kiểm tra thực tế (thực hiện theo quy định tại Thông tư 112/2005/TT-BTC) như sau:
+ Mức (3).a : Kiểm tra toàn bộ lô hàng;
+ Mức (3).b: Kiểm tra thực tế 10% lô hàng, nếu không phát hiện vi phạm thì kết thúc kiểm tra, nếu phát hiện có vi phạm thì tiếp tục kiểm tra cho tới khi kết luận được mức độ vi phạm.
+ Mức (3).c: Kiểm tra thực tế tới 5% lô hàng, nếu không phát hiện vi phạm thì kết thúc kiểm tra, nếu phát hiện có vi phạm thì tiếp tục kiểm tra cho tới khi kết luận được mức độ vi phạm.
3. Những trường hợp công chức đề xuất hình thức, mức độ kiểm tra:
3.1. Đối với những Chi cục Hải quan, nơi máy tính chưa đáp ứng được việc phân luồng tự động thì công chức tiếp nhận hồ sơ căn cứ các tiêu chí về phân loại doanh nghiệp (doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật hải quan, doanh nghiệp nhiều lần vi phạm pháp luật về hải quan), chính sách mặt hàng, thông tin khác... đề xuất hình thức, mức độ kiểm tra và ghi vào ô tương ứng trên Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra (được in sẵn) và chuyển bộ hồ sơ hải quan cùng Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra cho Lãnh đạo Chi cục để xem xét quyết định.
3.2. Đối với những trường hợp máy tính đã xác định được hình thức, mức độ kiểm tra trên Lệnh nhưng công chức hải quan nhận thấy việc xác định của máy tính là chưa chính xác do có những thông tin tại thời điểm làm thủ tục hệ thống máy tính chưa được tích hợp đầy đủ (lưu ý các thông tin về chính sách mặt hàng và hàng hoá thuộc diện ưu tiên thủ tục hải quan…), xử lý kịp thời thì đề xuất hình thức, mức độ kiểm tra khác bằng cách ghi vào ô tương ứng trên Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra, ghi lý do điều chỉnh vào Lệnh và chuyển bộ hồ sơ hải quan cùng Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra cho Lãnh đạo Chi cục để xem xét quyết định.
4. Kết thúc công việc tiếp nhận, kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đăng ký Tờ khai công chức bước 1 in Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra hải quan, ký tên và đóng dấu số hiệu công chức vào ô dành cho công chức bước 1 ghi trên Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra hải quan và ô cán bộ đăng ký trên Tờ khai hải quan.
5. Chuyển toàn bộ hồ sơ kèm Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra cho Lãnh đạo Chi cục để xem xét, quyết định hình thức, mức độ kiểm tra hải quan và ghi ý kiến chỉ đạo đối với các bước sau (nếu có);
6. Lãnh đạo Chi cục quyết định hình thức, mức độ kiểm tra hải quan. Sau khi Lãnh đạo Chi cục quyết định hình thức, mức độ kiểm tra hải quan, hồ sơ được luân chuyển như sau:
6.1. Đối với hồ sơ luồng xanh:
a. Lãnh đạo Chi cục chuyển trả cho công chức bước 1 để ký xác nhận, đóng dấu số hiệu công chức vào ô xác nhận đã làm thủ tục hải quan trên tờ khai hải quan (ô 26 trên Tờ khai hàng hóa xuất khẩu, mẫu HQ2002XK hoặc ô 38 trên Tờ khai hàng hoá nhập khẩu, mẫu HQ2002NK);
b. Sau khi ký, đóng dấu công chức vào ô xác nhận đã làm thủ tục hải quan trên tờ khai hải quan, công chức bước 1 chuyển bộ hồ sơ cho bộ phận thu lệ phí hải quan, đóng dấu đã làm thủ tục hải quan và trả tờ khai cho người khai hải quan.
6.2. Đối với hồ sơ luồng vàng, luồng đỏ:
Lãnh đạo Chi cục chuyển hồ sơ cho công chức bước 2 để kiểm tra chi tiết hồ sơ, giá, thuế.
Bước 2: Kiểm tra chi tiết hồ sơ, giá, thuế:
Công việc của bước này gồm:
1. Kiểm tra chi tiết hồ sơ (thực hiện theo quy định tại điểm III.1.2, mục 1 phần B, Thông tư 112/2005/TT-BTC);
2. Kiểm tra giá tính thuế, kiểm tra mã số, chế độ, chính sách thuế (thực hiện theo quy định tại điểm III.3.5, mục 1 phần B, Thông tư 112/2005/TT-BTC) và tham vấn giá (nếu có) theo quy trình kiểm tra, xác định trị giá tính thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu do Tổng cục Hải quan ban hành;
3. Nếu kiểm tra chi tiết hồ sơ thấy phù hợp, thì nhập thông tin chấp nhận vào máy tính và in chứng từ ghi số thuế phải thu theo quy định của Bộ Tài chính.
4. Kết thúc công việc kiểm tra ở bước 2 nêu trên, Ghi kết quả kiểm tra chi tiết hồ sơ vào Lệnh hình thức mức độ kiểm tra (phần dành cho công chức bước 2) và ghi kết quả kiểm tra việc khai thuế vào tờ khai hải quan (ghi vào ô phần kiểm tra thuế), ký tên và đóng dấu số hiệu công chức vào Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra hải quan và vào Tờ khai hải quan. Trường hợp có nhiều công chức hải quan cùng kiểm tra chi tiết hồ sơ thì tất cả các công chức đã kiểm tra phải ký xác nhận vào phần ghi kết quả kiểm tra trên Tờ khai hải quan và trên Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra hải quan theo hướng dẫn của Lãnh đạo Chi cục. Cụ thể như sau:
4.1. Đối với hồ sơ luồng vàng có kết quả kiểm tra chi tiết hồ sơ phù hợp với khai báo của người khai hải quan thì:
a. Ký xác nhận, đóng dấu số hiệu công chức vào ô xác nhận đã làm thủ tục hải quan trên Tờ khải hải quan (ô 26 trên Tờ khai hàng hóa xuất khẩu, mẫu HQ2002XK hoặc ô 38 trên Tờ khai hàng hoá nhập khẩu, mẫu HQ2002NK). Trường hợp có nhiều công chức hải quan cùng kiểm tra thì công chức thực hiện kiểm tra cuối cùng hoặc công chức được Lãnh đạo Chi cục phân công, chỉ định ký xác nhận vào ô xác nhận đã làm thủ tục hải quan trên Tờ khải hải quan;
b. Chuyển bộ hồ sơ cho bộ phận thu lệ phí hải quan, đóng dấu đã làm thủ tục hải quan và trả tờ khai cho người khai hải quan.
4.2. Đối với hồ sơ luồng đỏ có kết quả kiểm tra chi tiết phù hợp với khai báo của người khai hải quan và/ hoặc có vấn đề cần lưu ý thì ghi vào Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra hải quan và chuyển cho công chức bước 3 thực hiện.
4.3. Nếu kiểm tra chi tiết hồ sơ (vàng và đỏ) phát hiện có sự sai lệch, chưa phù hợp, cần điều chỉnh, có nghi vấn, có vi phạm thì đề xuất biện pháp xử lý và chuyển hồ sơ cho lãnh đạo Chi cục xem xét quyết định:
- Quyết định thông quan hoặc tạm giải phóng hàng; và/hoặc
- Kiểm tra lại hoặc thay đổi mức kiểm tra thực tế hàng hóa;và/ hoặc
- Tham vấn giá;và/ hoặc
- Trưng cầu giám định hàng hoá; và/hoặc
- Lập Biên bản chứng nhận/Biên bản vi phạm hành chính về hải quan.
5. Thực hiện các thủ tục xét miễn thuế, xét giảm thuế (nếu có) theo quy định của Thông tư số 113/2005/TT-BTC ngày 15/12/2005 của Bộ Tài chính và các quy định, hướng dẫn của Tổng cục Hải quan.
Bước 3: Kiểm tra thực tế hàng hóa
Bước này do công chức được phân công kiểm tra thực tế hàng hoá thực hiện. Việc kiểm tra thực tế hàng hoá được thực hiện bằng máy móc, thiết bị như máy soi, cân điện tử … hoặc kiểm tra thủ công. Việc ghi kết quả kiểm tra thực tế hàng hoá phải đảm bảo rõ ràng, đủ thông tin cần thiết về hàng hoá để đảm bảo xác định chính xác mã số hàng hoá, giá, thuế hàng hoá.
Công việc bước này bao gồm:
1. Tiếp nhận văn bản đề nghị của doanh nghiệp về việc điều chỉnh khai báo của người khai hải quan trước khi kiểm tra thực tế hàng hoá, đề xuất trình lãnh đạo Chi cục xem xét, quyết định (nếu có).
2. Tiến hành kiểm tra thực tế hàng hoá:
2.1. Kiểm tra tình trạng bao bì, niêm phong hàng hoá;
2.2. Kiểm tra thực tế hàng hoá theo hướng dẫn ghi tại Lệnh hình thức, mức độ kiểm tra (việc kiểm tra thực tế thực hiện theo hướng dẫn tại điểm III.2.2 và điểm III.3, mục 1, phần B Thông tư 112/2005/TT-BTC);
3. Ghi kết quả kiểm tra thực tế vào Tờ khai hải quan; yêu cầu phải mô tả cụ thể cách thức kiểm tra, mặt hàng thuộc diện kiểm tra, đủ các thông tin cần thiết để xác định mã số phân loại hàng hoá, giá tính thuế và vấn đề liên quan. Ký tên, đóng dấu số hiệu công chức vào ô phần ghi kết quả kiểm tra của Hải quan trên Tờ khai hải quan (tất cả các công chức cùng tiến hành kiểm tra thực tế phải ký tên, đóng dấu số hiệu công chức vào ô này).
4. Nhập kết quả kiểm tra thực tế vào hệ thống máy tính.
5. Xử lý kết quả kiểm tra:
5.1. Nếu kết quả kiểm tra thực tế hàng hoá phù hợp với khai báo của người khai hải quan thì ký xác nhận, đóng dấu số hiệu công chức vào ô xác nhận đã làm thủ tục hải quan trên tờ khai hải quan. Trường hợp, có nhiều công chức cùng tiến hành kiểm tra thực tế hàng hoá thì việc ký xác nhận vào ô xác nhận đã làm thủ tục hải quan trên tờ khai hải quan chỉ cần một công chức đại diện ký theo phân công, chỉ định của Lãnh đạo Chi cục.
Chuyển bộ hồ sơ cho bộ phận thu lệ phí hải quan, đóng dấu đã làm thủ tục hải quan và trả tờ khai cho người khai hải quan.
5.2. Nếu kết quả kiểm tra thực tế hàng hoá có sự sai lệch so với khai báo của người khai hải quan thì đề xuất biện pháp xử lý và chuyển hồ sơ cho Lãnh đạo Chi cục để xem xét quyết định:
- Kiểm tra tính thuế lại và ra quyết định điều chỉnh số thuế phải thu;và/ hoặc
- Lập Biên bản chứng nhận/Biên bản vi phạm;và/ hoặc
- Quyết định thông quan hoặc tạm giải phóng hàng.
Bước 4: Thu lệ phí hải quan, đóng dấu đã làm thủ tục hải quan và trả tờ khai cho người khai hải quan
Nhiệm vụ của bước này gồm:
1. Kiểm tra biên lai thu thuế, bảo lãnh của Ngân hàng/Tổ chức tín dụng về số thuế phải nộp đối với hàng phải nộp thuế ngay;
2. Thu lệ phí hải quan;
3. Đóng dấu Đã làm thủ tục hải quan (mẫu số 3 ban hành kèm theo Quyết định 120/2001/QĐ-TCHQ ngày 23.11.2001) vào góc bên phải, phía trên mặt trước của Tờ khai hải quan (đóng đè lên ký hiệu tờ khai HQ/2002-NK hoặc HQ/2002-XK);
4. Vào sổ theo dõi và trả Tờ khai hải quan cho người khai hải quan;
5. Bàn giao hồ sơ cho bộ phận phúc tập theo mẫu Phiếu tiếp nhận, bàn giao hồ sơ hải quan ban hành kèm theo quy trình này (mẫu 02: PTN-BGHS/2006).
Bước 5: Phúc tập hồ sơ
- Nhận hồ sơ hải quan từ bộ phận thu lệ phí hải quan;
- Phúc tập hồ sơ theo quy trình phúc tập hồ sơ do Tổng cục Hải quan ban hành.
